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- Écaille : feuilles réduites et coriaces chez les Gymnospermes (pins, thuyas, cyprès).
- Elaiosome : excroissance charnue sur une graine sécrétant des substances huileuses qui attirent les fourmis.
- Émarginé : qualifie une feuille ou un pétale très légèrement échancré au sommet.
- Embryon : plantule encore enfermée dans la graine.
- Endémique : espèce végétale dont l’aire est très retreinte.
- Endocarpe : partie la plus interne d’un fruit.
- Engainant : base de feuille ou de pétiole embrassant entièrement un autre organe (tronc, branche, chaume).
- Ensiforme : en forme de lame d’épée.
- Entomophile : végétaux dont le pollen ou les semences sont dispersés par les insectes.
- Éperon : Extension en forme de tube étroit ou de cornet, situé à la base d’un pétale ou d’un sépale et contenant souvent du nectar..
- Épi : inflorescences dont les fleurs, sessiles sont insérées sur un axe allongé.
- Épicarpe : enveloppe externe d’un fruit.
- Épichile : partie distale du labelle de certaines orchidacées, comme du genre Epipactis
- Épigyne : se dit d’une fleur dont les étamines et l’enveloppe florale sont insérées au-dessus de l’ovaire.
- Épillet : épi secondaire qui, regroupé à d’autres, forme un épi ou une panicule
- Epimatium : excroissance charnue qui coiffe l’ovule chez les Podocarpacées. Après la fécondation de l’ovule, l’ensemble « graine + epimatium » constitue un tout charnu.
- Épine : apex d’une feuille ou d’une pousse sclérifié et en pointe acérée. Ne pas confondre avec "aiguillon". Le japonais utilise le même terme pour désigner les deux organes.
- Épiphyte : Plante se développant sur la surface d’autres végétaux en les utilisant comme support mécanique mais sans être parasite.
- Équitant : poussant en 2 rangées se superposant, ex : feuilles de l’iris.
- Étamine : organe mâle de la fleur où se forme le pollen. L’étamine se compose en général d’une partie allongée : le filet
- Exsert : terme descriptif synonyme de saillant.
- Exsertile : se dit d’un organe qui est susceptible de faire saillie hors du hors d’une fleur ou d’un bourgeon.
- Extrorse : adjectif qualifiant une anthère libérant son pollen vers l’extérieur de la fleur, autrement dit vers les pétales.